Bakit ka ba nag-aaral sa wikang Filipino? => Bakit ka nag-aaral ng wikang Pilipino?

- It's not that wrong, but you don't really need the "ba" there because "bakit" is already the question-word.  When you put the  "ba", you're in a way questioning one's reason/s beyond simply learning Pilipino.  It would be needed if the question is something like this:  Bakit ka ba nag-aaral ng wikang Pilipino gabi-gabi? = Why are you studying Pilipino every night?  When put this way, it's more of why one does it at night than why he is studying Pilipino.      

- You should use "ng" (of) instead of "sa" (in).  "Nag-aaral sa wikang Pilipino" = Studying in Pilipino; "nag-aaral ng Pilipino" = doing a study of/studying Pilipino.

Nag-aaral ako sa wikang Fiipino dahil taga-Pilipinas ang pamilya ko. => Nag-aaral ako ng wikang Pilipino dahil taga-Pilipinas ang pamilya ko.  (You also use "ng" and not "sa" here.)

Nag-aaral ako ng mga kanta SA wikang Pilipino.  = I am learning some songs IN Pilipino.

Bakit?

Bakit ka ba nag-aaral sa   ng wikang Filipino?

Nag-aaral ako sa   ng wikang Fiipino dahil taga-Pilipinas ang pamilya ko.