Pour réduire très simplement, on peut dire que "y" = un endroit (there)
Et "en" est plus versatile. Par exemple, "j'en ai" = I have some of that.
"J'y vais" est une expression. Ça veut dire "I'm leaving". Le "Y" ne veut rien dire, il fait simplement changer le sens du mot "vais" (je vais à /au = I go to...).