Seria o mesmo que perguntar se há alguma diferença entre "I am doing" e "I'm doing". O significado não muda em nada. "Estou fazendo" é a forma padrão e deve ser usada na escrita e na fala mais polida ou formal. "Tô/tou fazendo" só deve ser usado na fala informal. O verbo "estar" costuma ser encurtado para "tar" (eu tou, tu tá(s), ele tá, nós tamo(s), vocês tão...) em todos os dialetos portugueses, tanto os do Brasil quanto os de Portugal. Lembrando que em Portugal tendem a dizer "estou a fazer" e não "estou fazendo".