No hay diferencia en el significado.
En mi país (Uruguay) se utiliza ¿Qué tal?, la primera vez que conoces a alguien, o puedes decir, ¿Cómo está? (sin la S al final).
¿Cómo estás? es más informal, es decir, a un amigo le dices ¿Cómo estás?, no le dices ¿Qué tal? al menos en mi país no es común usarlo con amigos o gente conocida.