Puede que esta pregunta sea un poco rebuscada o arbitraria, pero, al contrario de lo que puedan pensar muchos («porque sí, porque en algún sitio tendrá que ir»), hay una explicación más interesante que esa para que la zeta esté relegada al último puesto.

La <em>zeta</em> es el equivalente latino a la <em>dseda</em> o <em>dseta</em> griega (Ζ en mayúscula y ζ en minúscula). En ambos idiomas, esta letra representaba el sonido [ts] o [dz] (como en la palabra «pizza» pronunciada a la italiana, no a la española). En el alfabeto griego, la <em>dseta</em> ocupaba la sexta posición y no la última como lo hace actualmente la <em>zeta</em>.

Esto se debe a las reformas ortográficas de Apio Claudio el Censor (también conocido como «el Ciego», responsable de la construcción de la célebre Vía Apia y del primer acueducto de Roma, el Aqua Appia) a finales del siglo IV a. C.

Eliminó la letra zeta cuando la primitiva s sonora (es decir, [z], pronunciada como en el inglés <em>zoom</em>), que existía en el periodo más arcaico del latín, evolucionó en posición intervocálica a la vibrante simple /ɾ/ por el fenómeno denominado rotacismo: la<em> s</em> intervocálica pasa a r; por ejemplo, Papisius pasa a Papirius. Este fenómeno ya estaba consumado a mediados del siglo IV a. C.

El lugar de la ‹z› fue ocupado por la ‹g›. A partir del siglo I d. C., volvió a restablecerse el uso de la ‹z› para reproducir la <em>dseta</em> griega, pero ya no recuperó su puesto originario, ocupado por la ‹g›, sino que se colocó en el último lugar del alfabeto. Algo así como que el que fue a Sevilla perdió su silla.

Tomado de <em>Gramática histórica del castellano</em> <a href="https://www.delcastellano.com/zeta-ultima-letra-abecedario/" rel="noopener noreferrer" target="_blank">https://www.delcastellano.com/zeta-ultima-letra-abecedario/</a>;