"tuviera" y "tuviese" son formas del imperfecto de subjuntivo del verbo "tener", no del pluscuamperfecto que sería "hubiera/hubiese tenido". No hay una diferencia entre tuviese y tuviera.

Como se dijo antes, las formas -ra y -se corresponden al imperfecto de subjuntivo, no al pluscuamperfecto. No hay diferencia en el significado pero sí en el uso, ya que -ra es más común que -se. La forma -se se utiliza en situaciones más formales o en el lenguaje literario y jurídico.