They are not always interchangeable. ¿Qué haces? Right now, nowadays, these days, this month, every day, usually. (ahora mismo, hoy en día, estos días, este mes, todos los días, normalmente) ¿Qué estás haciendo? Right now, nowadays, these days, this month. (ahora mismo, hoy en día, estos días, este mes) But not every day, and not usually (todos los días, normalmente)

¡Hola Daniel! Ambas frases pueden utilizarse para preguntar sobre las actividades o acciones de una persona en el presente. No cambia el sentido de la pregunta si utilizas el presente progresivo (¿Qué estás haciendo?) o si usas el presente de indicativo (¿Qué haces?). Espero haberte ayudado. -Cecilia

Hola básicamente es lo mismo y se usa de igual manera, lo único que cambia es el tiempo gramatical, ya que en la primera oración estas usando el presente progresivo y el la segunda estas usando el presente simple. Pero en lineas generales son intercambiables las dos preguntas.