"O que você faz?" pode tanto dizer repeito ao que ele faz habitualmente, como por exemplo a sua profissão, como ao que ele faz no momento.
"O que você está fazendo?" ou "o que você está a fazer" diz muito mais respeito ao tempo presente do momento (e o imediatamente anterior e posterior).
Normalmente se a questão é "O que você faz?" a resposta é "Eu faço..." e se é "O que você está fazendo" a resposta é "Eu estou fazendo...!" No entanto nada impede de a resposta aparecer num aspecto diferente da pergunta.
Ou seja, como resposta à pergunta
"O que fazes?"
A resposta tanto poderia ser "Estou comendo." como "Trabalho na Microsoft."