"Qué es una flauta?" suena mejor

Ambas formas son correctas pero, la segunda pregunta "qué es una flauta?" la preguntaría una persona que sabe que "flauta" es femenino. En la primera pregunta "qué es flauta?" la preguntaría una persona que esperaría que "flauta" pudiera ser femenino o masculino, así como "astronauta" y "taikonauta" son de género indefinido.

Creo que "¿Que significa flauta?" o "¿Que es una flauta?" son "gramaticales" pero te van a entender si dices "¿Qué es flauta?"