There are the past making particles which are "했/었/았/였".^^/
For example,
하다 = to do / 했다 = did
먹다 = to eat / 먹었다 = ate
놀다 = to hang out / 놀았다 = hung out
기다리다 = to wait/ 기다렸다 = waited
Your sentence would be "그는 사과를 먹+었+다", and making it more natural, "그는 사과를 먹었어요" as for "He ate an apple"
On the other hand, "-고 있다" is used for the present progressive.
하다 / 하고 있다 = BE+doing
먹다 / 먹고 있다 = BE+eating
(그는 사과를 먹고 있어요 = He is eating an apple)
놀다 / 놀고 있다 = BE + hanging out
기다리다 / 기다리고 있다 = BE + waiting
\^o^/