Elas tem o mesmo sentido, porém são usadas de formas diferentes. Há tempos eu não leio um bom livro. Faz tempo que que eu não leio um bom livro.

Não há diferença de sentido, mas são usadas de maneira distinta: "Eles saíram faz tempo" "Há tempo que espero por isso"

Em um contexto como "estou aqui há uma hora" tem o mesmo sentido de "estou aqui faz uma hora". Mas o HÁ pode significar HAVER, por exemplo "Ainda há uma hora para terminar a prova." Nesse exemplo não pode ser usado o FAZ "Ainda faz uma hora para terminar a prova" está errado e não faz sentido!