1) 서울은 비가 와요. (O) 2) 서울에서 비가 와요.(X) (서울에서, from Seoul) 3) 서울에 비가 와요. (O) It is raining in Seoul. 서울에 비가 와요. 서울에 비가 오고 있어요. As for Seoul, it is raining (there). 서을에는/서울은 비가 와요.

1) 서울은 비가 와요. is much better. but, if you want to say #3, 서울에는 비가 오고 있어요.