It is good writing, but since you requested proofreading, I'll pick every little nit possible :-)
안녕하세요, 교수님, OK
제가 기말고사 거의 다 끝내서 다음 주부터 시간이 많겠습니다. OK
=> (alternatively) 제가 기말고사를 거의 다 끝내서 다음 주부터는 시간이 많겠습니다.
(adding 를 and 는 seems to make it smoother, although it's a small difference)
=> (more natural) 제가 기말고사가 거의 다 끝나서 다음 주부터는 시간이 많겠습니다.
월요일 오후에 약속이 있는데 그 때밖에 언제든지 만날 수 있습니다.
=> 월요일 오후에 약속이 있으니까 그 때 말고는[빼고는, 외에는] 언제든지 뵐 수 있습니다.
* 조사 "밖에"는 "~밖에 안[못] 되다[하다,..]"의 형태로만 쓰이고 평서문에선 "말고/빼고/외에"를 씁니다.
* 높임말에서는 "만나다" 대신 "만나 뵙다"나 그냥 "뵙다"라고 합니다.
시간이 언제 있으십니까? OK (but could be improved)
=> 시간이 언제 나십니까 / 시간이 언제 되십니까? (more respectful)
* 높임말에선 "있다/있으시다"를 피해서 "나시다/되시다"로 하는 것이 더 좋습니다.
("있다/있으시다"는 높이지 않은 느낌을 주고 "시간"에 "계시다"를 쓰는 것도 이상하므로)
엘리 드림 OK
* Some other points.
"다음 주 교수님께서 만날 거에요"
=> 다음 주에 교수님과 만날 거예요 / 다음 주에 교수님(을) 뵐 거예요.
* "께서" can only work if it's 다음 주 교수님께서 저를 만나실 거예요, but it's not natural.
("거에요" => "거예요" - it is something a lot of Koreans get wrong too :-)
"미리 감사합니다!" => "미리 감사드립니다!" (more natural).
* 감사합니다 sounds like "I am grateful" (adj), 감사드립니다 is clearly "thank you" (verb).
* When 미리 is added, 감사합니다 is a little strange or not as polite as 감사드립니다.
(It's a subtle difference, and 미리 감사합니다 is not wrong per se.)