They all mean the same. Bonita(o) and hermosa(o) are used only with women. Linda in the sense of "beautiful" is only used with women, but in the sense of "cute, nice" it can also be used with men Guapa(o) can be used with both men and women. With objects, you can use bonita, hermosa and linda.

Bonita, linda o hermosa son adjetivos calificativos en este caso de género femenino y número singular. Estos adjetivos califican indistintamente a una mujer o a una cosa. Ej: chica linda, chica hermosa, o también flor hermosa, flor linda, etc. Guapa es sinónimo de los tres adjetivos anteriores, pero es usado solamente en España ya sea como adjetivo o como interjección.

En realidad, son distintas maneras de decir lo mismo, a mi juicio tanto en masculino como en femenino. Quizá según el pais donde se diga algunas de esas palabras pueden significar mas de una cosa, por ejemplo lindo en hispano américa puede significar bueno, amable, detallista. Hermosa en España tambien lo usamos para decir gorda. Pero en general las puedes usar como sinonimos de pretty, beautiful, handsome (en masculino).